Ekumenska inicijativa žena se razvio iz Ekumenskog fonda ženske solidarnosti (engl. Ecumenical Women's Solidarity Fund, EWSF), programa Svjetskog vijeća Crkava (engl. World Council of Churches, WCC), utemeljenog 1992. godine kao odgovor na izvještaj o ratnim silovanjima žena na području bivše Jugoslavije, koji je objavio Odjel za ženska pitanja (engl. Women's Desk) WCC-a. Fond sa sjedištem u Ženevi osiguravao je novčane potpore projektima čije su nositeljice bile žene, a bili su usmjereni pružanju pomoći ženama žrtvama rata na području bivše Jugoslavije. Program se financirao donacijama Crkava, članica Svjetskog vijeća Crkava i ekumenskih razvojnih agencija povezanih s njime. Nakon pozitivne ocjene postignuća fonda 2007. godine, na temelju preporuka korisnica potpora prepoznata je potreba za osnivanjem lokalnog ženskog fonda u regiji u čijem fokusu više neće biti žene kao žrtve rata, već žene kao nositeljice društvenih promjena.
Ekumenska inicijativa žena osnovana je 11. lipnja 2007. u Omišu, a utemeljila ju je skupina aktivistica i bivših korisnica potpora EWSF-a iz regije.
